Op grond van de Kaderregeling subsidies en de Regeling Meer Uren Werkt moet de projectaccountant controleren of de subsidieontvanger aan alle verplichtingen voldoet bij de uitvoering van het activiteitenplan en de financiële verantwoording.
Het controleprotocol geeft richtlijnen voor de accountantswerkzaamheden. Voor toezicht op de juiste besteding van de subsidie, is een accountantsproduct vereist dat zekerheid geeft over de juistheid en rechtmatigheid van de gedeclareerde kosten. De accountant is verplicht te werken volgens het beschikbare controleprotocol, zoals ook vermeld op de website van de Nederlandse Beroepsorganisatie van Accountants.